Filho de Manuel Bernardes Branco e da segunda sua mulher, Carlota Maria de Jesus, que foram recebidos em 24 de março de 1831 na freguesia de Pena. Devido à pobreza não teve o benefício de frequentar a escola na sua infância, mas mais tarde terá recebido aulas particulares da parte de ex-professores. Com menos de 18 anos de idade, já ganhava a vida ao dar aulas de latim, aos 19 anos já era professor de Latinidade no Colégio do Marquês de Tancos. No ano letivo de 1851-1852, porém, passou a frequentou os dois anos de língua hebraica no Liceu Nacional de Lisboa, sendo aprovado nos exames de 22 de julho de 1851 e 13 de julho de 1852.
Ainda neste ano, por proposta do conselheiro real Antonio José Viale, deslocou-se para o Porto, onde se dedicou, durante três anos, ao ensino particular do filho de Carlos Leme Vieira de Melo, 9.º senhor da casa do Val de Couto, Sebastião do Sacramento Leme Guedes Vieira de Macedo, 10.º senhor da casa do Val de Couto. A partir de 1855, continuou durante mais sete anos no Porto como professor de línguas, exercendo a sua profissão nos colégios particulares daquela cidade.
Ainda antes de regressar a Lisboa, em 1862, Bernardes Branco foi eleito associado provincial da Academia Real das Ciências de Lisboa, em 24 de março de 1860.
Enquanto ainda residia no Porto, em 17 de fevereiro 1859, contraiu matrimónio com a setubalense D. Maria Ana Amélia de Ataíde que veio a falecer, em 1867, na freguesia da Lapa. Pouco depois, em 19 de junho de 1867, contraiu segundas núpcias com D. Júlia Piedade Branco, viúva e que era filha do seu meio-irmão António Bernardes Branco.
Foi eleito sócio correspondente da Academia Real das Ciências de Lisboa em 19 de fevereiro de 1891, sendo integrado na Classe de Ciências Morais, Políticas e Belas Letras. Tendo começado a publicar os primeiros artigos literários desde 1856, Bernardes Branco afirma no seu “Relatorio de trabalhos litterarios” de 5 de fevereiro de 1879 que acompanhou a sua candidatura a sócio efetivo da Academia Real das Ciências de Lisboa, que não teria perseguido o
Nas primeiras obras que publicou, Bernardes Branco optou por reeditar obras previamente publicadas. A primeira delas,
Entre 1875 e 1875, saíram do prelo os treze volumes da
Ao identificar-se ainda como “Professor das linguas grega e latina [...]” (Branco 1879, p. I), chegou a publicar um
A principal obra do autor é, sem dúvida, a sua bibliografia em cinco volumes,
Antes de terminar o seu magnum opus bibliográfico, publicou a sua
Para além das obras aqui mencionadas, o nosso autor publicou ainda grande número de obras de natureza monográfica, sobretudo de cariz historiográfico que infelizmente não podem todas ser mencionadas aqui.
Consta que Manuel Bernardes Branco terá falecido no ano de 1900 (Pereira & Rodrigues 1906, II, p. 472). Como se sabe que regressou à sua cidade natal, Lisboa, depois de 1862, pode assumir-se que terá falecido em Lisboa. No entanto, não se sabe em que freguesia ou por qual das então já existentes Conservatórias do Registo Civil ou qual dos bairros da Administração do Concelho de Lisboa o seu óbito foi registado.