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Nasceu a 20 de setembro de 1706, sendo filho de D. Luís de Almeida Portugal, 3º conde de Avintes, e de D. Joana Antónia de Lima, filha do visconde de Vila Nova de Cerveira. Provinha, portanto, da aristocracia cortesã de primeira linha, tendo recebido alvará de moço fidalgo, com a respetiva pensão de moradia, por carta régia de D. João V, datada de 12 de outubro de 1715. Sendo filho secundogénito, D. Tomás de Almeida terá sido destinado a uma carreira eclesiástica à imagem do seu tio e homónimo, D. Tomás de Almeida que veio a ser o primeiro cardeal-patriarca de Lisboa.

Estudou no Colégio de Jesuítas de Santo Antão e frequentou depois o curso de Filosofia em Évora, entre 1721 e 1722. Matriculou-se na Universidade de Coimbra, em 1724, tendo sido porcionista do Real Colégio de São Paulo. Obteve a licenciatura e o doutoramento em Teologia no ano de 1731.

Foi abade de Santa Comba de Chacim e deputado do Santo Ofício. A 4 de dezembro de 1738 foi nomeado cónego presbítero da Patriarcal, sendo feito por D. João V capelão fidalgo com direito à pensão respeitante a essa dignidade. Os esforços joaninos de engrandecimento da Igreja Patriarcal lograram que alguns membros do cabido assumissem a dignidade honorífica de principais da Igreja Patriarcal, formando-se um colégio dos principais - à imagem do colégio cardinalício em Roma - tendo os principais da Patriarcal o direito a usar vestes corais semelhantes às dos cardeais, entre outras prerrogativas e privilégios que lhes conferiam uma particular posição de destaque entre o clero português. D. Tomás passou então a integrar o grupo dos principais presbíteros ficando doravante conhecido como Principal Almeida.

Para além da sua posição entre o cabido da Patriarcal, o Principal Almeida integrava ainda os círculos cortesãos, assumindo a função curial de sumilher da cortina d’el rei - que já o seu tio e homónimo havia assumido no reinado de D. Pedro II -, tendo D. Tomás de Almeida sido também feito membro do Conselho de D. José I.

Não sendo um desconhecido dos círculos do poder régio, foi lhe confiado o desafiante e recém criado cargo de diretor geral dos Estudos. Assim, por carta régia de 6 de julho de 1759, foi nomeado para o referido cargo, na sequência da criação, em 28 de junho de 1759, da Diretoria Geral dos Estudos que implementaria a reforma pombalina dos estudos secundários após a expulsão dos jesuítas e o encerramento dos seus múltiplos estabelecimentos de ensino. O Principal Almeida dedicar-se-ia de forma ativa e empenhada na remodelação dos estudos secundários e na edificação de uma nova orientação pedagógica, tendo exercido o cargo de diretor-geral dos Estudos por mais de uma década, entre 1759 e 1771 (vd. Andrade, 1981). A crer no principal, e depois cardeal-patriarca, D. José Francisco de Mendonça, o principal Almeida não continuou no cargo, nem foi nomeado para novas funções devido ao seu “genio forte” e à sua autonomia e resolução que não agradavam a Sebastião José de Carvalho e Melo (Mendóça, 2010, p. 214 e 324).

D. Tomás de Almeida foi eleito sócio honorário da Academia Real das Ciências de Lisboa a 16 de janeiro de 1780, não havendo, no entanto, indícios que tenha tido um papel ativo na vida da Academia.

Já em 1778 D. Maria I havia confiado ao principal Almeida a gestão do arquivo e das demandas da Congregação Camarária da Patriarcal.Terá ascendido na hierarquia do cabido da Patriarcal, tendo sido alçado à condição de principal primário e ao ofício de deão, cargo cimeiro entre o cabido, e que desempenhou pelo menos desde 1782 até à sua morte. Nos anos que se seguiram a 1781, o Principal Almeida foi sendo afetado pela deterioração do seu estado de saúde, o que por vezes o impediu de atender às suas funções na Patriarcal.

Faleceu com quase 80 anos, no dia 27 de fevereiro de 1786, tendo as exéquias tido lugar a 15 de março na Igreja da Encarnação “com a maior solenidade e pompa”, segundo se relatou na Gazeta de Lisboa. Foi sepultado na nave principal da Igreja do Convento de São Pedro de Alcântara, no Bairro Alto, onde ainda hoje se encontra o seu sepulcro com uma lápide ostentando as suas armas, a qual terá sido colocada a mando do seu sobrinho e herdeiro, o marquês de Lavradio.