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Nasceu a 20 de setembro de 1706, sendo filho de D. Luís de Almeida Portugal, 3º conde de Avintes, e de D. Joana Antónia de Lima, filha do visconde de Vila Nova de Cerveira. Provinha, portanto, da aristocracia cortesã de primeira linha, tendo recebido alvará de moço fidalgo, com a respetiva pensão de moradia, por carta régia de D. João V, datada de 12 de outubro de 1715. Sendo filho secundogénito, D. Tomás de Almeida terá sido destinado a uma carreira eclesiástica à imagem do seu tio e homónimo, D. Tomás de Almeida que veio a ser o primeiro cardeal-patriarca de Lisboa.

Estudou no Colégio de Jesuítas de Santo Antão e frequentou depois o curso de Filosofia em Évora, entre 1721 e 1722. Matriculou-se na Universidade de Coimbra, em 1724, tendo sido porcionista do Real Colégio de São Paulo. Obteve a licenciatura e o doutoramento em Teologia no ano de 1731.

Foi abade de Santa Comba de Chacim e deputado do Santo Ofício. Em dezembro de 1738, era já cónego presbítero da Patriarcal, sendo feito por D. João V capelão fidalgo com direito à pensão respeitante a essa dignidade. Os esforços joaninos de engrandecimento da Igreja Patriarcal lograram que alguns membros do cabido assumissem a dignidade honorífica de principais da Igreja Patriarcal, formando-se um colégio dos principais - à imagem do colégio cardinalício em Roma - tendo os principais da Patriarcal o direito a usar vestes corais semelhantes às dos cardeais, entre outras prerrogativas e privilégios que lhes conferiam uma particular posição de destaque entre o clero português. D. Tomás passou então a integrar o grupo dos principais presbíteros ficando doravante conhecido como Principal Almeida.

Para além da sua posição entre o cabido da Patriarcal, o Principal Almeida integrava ainda os círculos cortesãos, assumindo a função curial de sumilher da cortina d’el rei, tendo sido também feito membro do Conselho de D. José I.

Não sendo um desconhecido dos círculos do poder régio, foi lhe confiado o desafiante e recém criado cargo de diretor geral dos Estudos. Assim, por carta régia de 6 de julho de 1759, foi nomeado para o referido cargo, na sequência da criação, em 28 de junho de 1759, da Diretoria Geral dos Estudos que implementaria a reforma pombalina dos estudos secundários após a expulsão dos jesuítas e o encerramento dos seus múltiplos estabelecimentos de ensino. O Principal Almeida dedicar-se-ia de forma ativa e empenhada na remodelação dos estudos secundários e na edificação de uma nova orientação pedagógica, tendo exercido o cargo de diretor-geral dos Estudos por mais de uma década, entre 1759 e 1771 (vd. Andrade, 1981). A crer no principal, e depois cardeal-patriarca, D. José Francisco de Mendonça, o principal Almeida não continuou no cargo, nem foi nomeado para novas funções devido ao seu “genio forte” e à sua autonomia e resolução que não agradavam a Sebastião José de Carvalho e Melo (Mendóça, 2010, p. 214 e 324).

D. Tomás de Almeida foi eleito sócio honorário da Academia Real das Ciências de Lisboa a 16 de janeiro de 1780, não havendo, no entanto, indícios que tenha tido um papel ativo na vida da Academia.

Já em 1778 D. Maria I havia confiado ao principal Almeida a gestão do arquivo e das demandas da Congregação Camarária da Patriarcal.Terá ascendido na hierarquia do cabido da Patriarcal, tendo sido alçado à condição de principal primário e ao ofício de deão, cargo cimeiro entre o cabido, e que desempenhou pelo menos desde 1782 até à sua morte. Nos anos que se seguiram a 1781, o Principal Almeida foi sendo afetado pela deterioração do seu estado de saúde, o que por vezes o impediu de atender às suas funções na Patriarcal.

Faleceu com quase 80 anos, no dia 27 de fevereiro de 1786, tendo as exéquias tido lugar a 15 de março na Igreja da Encarnação “com a maior solenidade e pompa”, segundo se relatou na Gazeta de Lisboa. Foi sepultado na nave principal da Igreja do Convento de São Pedro de Alcântara, no Bairro Alto, onde ainda hoje se encontra o seu sepulcro com uma lápide ostentando as suas armas, a qual terá sido colocada a mando do seu sobrinho e herdeiro, o marquês de Lavradio.