Filho de José Martins e Antónia Maria, natural de Lisboa. Cenáculo professou na Ordem Terceira de S. Francisco, a 25 de março de 1740, no Convento de Nossa Senhora de Jesus, em Lisboa. Cursou Humanidades e Teologia na Universidade de Coimbra, onde se doutorou a 26 do maio de 1749. Lecionou, durante três anos, no Colégio das Artes em Coimbra e, depois de ter participado em Roma, no ano de 1750, no capitulo geral da sua ordem, voltou a lecionar Teologia (de 1751 a 1755).
Ao longo da sua vida, Cenáculo desempenhou variados cargos. Provincial da Ordem Terceira em Portugal, e deputado da Mesa Censória a partir de 21 de abril de 1768, foi depois nomeado confessor do príncipe D. José, em 16 de março de 1769, e seu preceptor, em 1970. Em março desse ano, foi nomeado bispo de Beja (bispado que acabava de ser criado). Foi ainda presidente da Junta da Providencia Literária e, a partir de 10 de novembro de 1772, presidente da Junta do Subsídio Literário. Tornou-se Arcebispo de Évora a 3 de março de 1802.
Cenáculo foi eleito membro correspondente, em 28 de Junho de 1780 e depois membro honorário, em 6 de Junho de 1812. Alguns meses após o seu falecimento, Francisco Manuel Trigoso de Aragão Morato, vice-secretário da Academia, proferiu o seu elogio histórico, lido na assembleia de 24 de Junho de 1814 (
De particular interesse se reveste o facto de – jamais descurando a sua missão sacerdotal e dela tendo frequente testemunho em discursos que foram publicados – muito ter diligenciado pela criação de bibliotecas, tanto em Beja (cerca de 9000 volumes) como em Évora, não sendo despiciendo, antes pelo contrário, saber que na origem da Biblioteca da Academia das Ciências de Lisboa está justamente a biblioteca do Convento de Jesus que Frei Manuel do Cenáculo criou.
Em segundo lugar, a sua grande preocupação pela preservação e divulgação do património cultural. Atribui-se-lhe, com inteira razão, o título de criador do primeiro museu português e é nesse domínio da salvaguarda e reabilitação dos vestígios do passado que mais tem merecido a atenção dos historiadores, dos arqueólogos e dos epigrafistas. Na pág. 5 do livro
Criou, em Beja, o Museu Sisenando Pacense, sem dúvida, a menina dos seus olhos, com as antiguidades que acuradamente foi diligenciando recolher. Para seu prefeito nomeou, a 10 de Janeiro de 1791, Frei Lourenço do Valle, que, na oração de inauguração do museu (gizada em parte ou no todo, supõe-se, com a superintendência do prelado), o apresentou «como microcosmos do Mundo e da História, isto é, como reflexo de toda a criação divina e das ações humanas, devendo assim abranger a memória das civilizações através dos seus objetos e da sua arte, e a memória da criação divina, através da apresentação e catalogação da natureza».
Frei Manuel do Cenáculo teve, por outro lado, o cuidado de mandar desenhar ou ele próprio desenhou inúmeras peças, nomeadamente epigráficas, das quais, por vezes, é esse, agora, o único testemunho da sua existência. Na verdade, se, ao sair de Beja para Évora, muito logrou levar consigo - e o Museu de Évora, a que ora se deu o seu nome, é disso bem credor - parte da sua coleção terá levado descaminho. Um dos seus mais preciosos legados é o
Em síntese de apresentação do livro em que reuniu instruções pastorais, projectos de bibliotecas e diário do prelado, Francisco António Lourenço Vaz, um dos mais diligentes estudiosos da obra do prelado, refere o seu “papel determinante na reforma da Universidade de Coimbra, na direção da Real Mesa Censória e nos projetos delineados com impacto na difusão da ciência, tenho reunido, ao longo da vida, uma vastíssima coleção de livros, moedas, produtos naturais, obras de arte e antiguidades, tendo em vista a criação de bibliotecas e museus abertos ao público”.
“Construtor de bibliotecas” (Lourenço Vaz, 2006), “um dos fundadores da museologia” (Pedro de Andrade, 2007), humanista, arqueólogo e bibliófilo, são alguns dos muito epítetos que encontramos na já extensa bibliografia sobre Manuel do Cenáculo, utilizados para caracterizar esta personalidade ímpar, de facto, na história da Academia das Ciências de Lisboa e da cultura portuguesa.