Filho primogénito do desembargador Lucas de Seabra da Silva – que culminou a sua carreira no Desembargo do Paço, tendo antes passado pela Relação do Porto e pela Casa da Suplicação – e de Josefa Teresa de Moraes Ferraz – administradora do morgadio de Figueiró dos Vinhos – foi batizado em 17 de novembro de 1732. Recebeu, em 1750, o hábito da Ordem de Cristo e, dois anos depois, tornou-se de familiar do Santo Ofício. Foi, sucessivamente, moço fidalgo, fidalgo escudeiro e fidalgo cavaleiro da casa real. Doutor em Leis pela Universidade de Coimbra (1751), ascendeu a desembargador extravagante da Relação do Porto (1754) e depois da Casa da Suplicação (1754), tendo nesta última chegado a chanceler (1756). Desempenhou ainda as funções de procurador fiscal da Companhia Geral do Grão Pará e Maranhão (1757), fiscal da Junta do Comércio (1758), executor da fazenda da rainha D. Mariana Vitória, mulher de D. José I (1760), procurador da fazenda da Repartição do Ultramar do Conselho da Fazenda (1760), procurador da Coroa (1765), guarda-mor da Torre do Tombo (1766) – onde terá localizado a então desaparecida carta de Pero Vaz de Caminha a D. Manuel I sobre o achamento do Brasil – e desembargador do Paço (1770). Em 1764, casou, no palácio de Oeiras pertencente ao Secretário de Estado dos Negócios do Reino, Sebastião José de Carvalho e Melo – já então valido de D. José I, que o fez conde de Oeiras (1759) e depois marquês de Pombal (1769) –, com Ana Felícia Coutinho Pereira de Sousa Tavares Cerveira e Horta, administradora de vários morgados, nomeadamente o dos Coutinhos, de Coimbra, e descendente do primeiro donatário da capitania da Baía. O casal teve dois filhos, Manuel Maria e António. José de Seabra da Siva recebeu, entretanto, da Coroa a quinta e o palácio que o duque de Aveiro tivera em Lisboa, assim como, na mesma cidade, a quinta de São Sebastião da Pedreira, sem esquecer a do Canal, nos arredores da Figueira da Foz, que fora anteriormente propriedade da Companhia de Jesus.
Rapidamente se tornou um dos homens de mão de Carvalho e Melo, a par de Aires de Sá e Melo, D. Frei Inácio de São Caetano, D. Luís da Cunha Manuel, D. Frei Manuel do Cenáculo e António Pereira de Figueiredo, sem esquecer seus irmãos Francisco Xavier de Mendonça Furtado e Paulo de Carvalho de Mendonça e o filho primogénito, Henrique de Carvalho e Melo. Assinou a
Em 17 de janeiro de 1774, de forma inesperada e abrupta, D. José I demitiu-o e impôs-lhe o afastamento da corte. Os motivos nunca foram cabalmente conhecidos e podem ter sido originados em intrigas do cardeal D. João Cosme da Cunha, inquisidor geral e ministro assistente ao despacho, que provavelmente lhe cobiçava o lugar, ou no receio que o marquês de Pombal poderá ter tido ao ver ascender e até ganhar alguma autonomia política aquele que muitos viam como seu óbvio sucessor. Uma outra hipótese, menos provável, prende-se com uma inconfidência sua a respeito da alegada intenção de D. José I e do marquês de Pombal de afastar da sucessão ao trono a princesa herdeira, a futura D. Maria I, fazendo recair a Coroa no neto e homónimo do soberano. José de Seabra da Silva teria revelado o plano à rainha D. Mariana Vitória, deitando tudo a perder. Em 26 de abril do referido ano, o marquês de Pombal transmitiu ordens régias para a prisão do seu antigo adjunto, que, em 4 de maio, deu entrada no Castelo de São João do Porto. Em 4 de outubro rumou ao Rio de Janeiro e, em 1 de março de 1775, chegou a Luanda, passando depois ao presídio das Pedras Negras (Pungo Andongo), igualmente em Angola, onde amargou duro desterro.
Em dezembro de 1776, a regente, a rainha D. Mariana Vitória, mandou reconduzi-lo ao reino com todas as honras de antigo membro do governo. À sua chegada a Lisboa, reviu a família de que se achava separado desde os primeiros dias de 1774. Data de 21 de outubro de 1778 a reabilitação formal assinada por D. Maria I, que também lhe concedeu, em 15 de maio de 1779, a comenda de S. Miguel de Oliveira de Azeméis da Ordem de Cristo, atribuindo-lhe, enquanto a mesma não tivesse rendimento, a quantia anual de dois contos e quatrocentos reis. Nos começos de 1784, foi designado para integrar a junta para a elaboração de um novo código penal. Em 15 de dezembro de 1788, foi nomeado Secretário de Estado dos Negócios do Reino, sucedendo ao marquês de Ponte de Lima, que por sua vez substituíra Pombal. Nesta segunda fase da sua vida política, José de Seabra da Silva protegeu a Universidade de Coimbra e a Academia Real das Ciências de Lisboa – de que foi, como ocorria com os membros do governo, sócio honorário a partir de 1788 – , empenhou-se na criação da Real Biblioteca Pública da Corte, hoje Biblioteca Nacional de Portugal, prosseguiu a obra de reconstrução de Lisboa e mandou abrir uma estrada entre Lisboa e o Porto e vários canais em rios como o Mondego, o Sado e o Guadiana. Em 1792, foi-lhe assente uma moradia de 4286$000 réis e em 1796, a Coroa agraciou-o com uma comenda da Ordem de Cristo, a da Torre Direita, no bispado de Viseu.
Em 15 de julho de 1799, foi demitido pelo príncipe regente, que mais se tarde se tornou rei com nome de D. João VI. Este governava em nome da mãe, D. Maria I, desde 1792, em virtude do transtorno mental da soberana e sete anos volvidos decidiu optar por uma regência formal. José de Seabra da Silva sugeriu que se deveria legitimar a nova situação política convocando Cortes, o que não acontecia em Portugal desde finais do século XVII. Mais do que duvidar das capacidades governativas do futuro rei, o Secretário de Estado dos Negócios do Reino estaria antes a tentar evitar um previsível reforço do peso político de D. Rodrigo de Sousa Coutinho, futuro conde de Linhares, responsável pela Marinha e Ultramar. Retirou-se então para a sua Quinta do Canal. Nos anos que se seguiram foi denunciado à Inquisição por um suposto juízo contra a Ordem de Malta (1802), regressou a Lisboa (1804) e foi-lhe pedido um parecer no contexto da conspiração de Mafra, que teria como objeto afastar o príncipe D. João da regência (1805). Tendo sido sempre simpatizante da França, não é impossível um apoio seu a Junot, quando este governou Portugal na sequência da vitória da primeira invasão napoleónica (1807-1808). Nos derradeiros anos de vida sofreu dois desgostos, a morte da mulher (1807) e a do filho António, caído em combate contra os franceses na batalha do Bussaco (1808). O primogénito, Manuel Maria, foi, entretanto, elevado pelo príncipe regente a visconde da Baía (1796) e casou com uma neta do marquês de Pombal (1803). Foi apoiante de D. Miguel I, que o fez conde da Baía (1833). José de Seabra da Silva terá ainda sido pai de uma filha bastarda, Delfina Vitorina, nascida em data incerta, casada em 1811 com o administrador do morgado da Flora da Rosa e ainda viva em 1861.
O antigo Secretário de Estado dos Negócios do Reino morreu aos 80 anos na sua quinta de S. Sebastião da Pedreira e foi no dia imediato sepultado na igreja da mesma invocação. As fontes revelam facetas diversas da sua personalidade: culto, inteligente, talvez petulante e afetado, para além de afável e jovial. Terá sido um governante enérgico e, ao que tudo indica, um homem profundamente ambicioso sob o ponto de vista político. O seu elogio histórico foi proferido pelo marquês de Resende, em sessão plenária da Academia das Ciências de Lisboa de 10 de março de 1861.