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João Cosme da Cunha nasceu no seio de uma família da alta nobreza. Não admira, por conseguinte, que, tanto o seu nascimento, como o seu batismo, tenham sido noticiados na Gazeta de Lisboa. Terceiro filho dos 4.^os condes de São Vicente, Manuel Carlos da Cunha Távora e Silveira e D. Isabel de Noronha, dama do paço, foi, pela ordem do nascimento e à semelhança de outros irmãos do sexo masculino, destinado a uma carreira eclesiástica. Neto paterno do 2.º conde de São Vicente e materno do 4.º conde dos Arcos, era parente dos Távoras, posto que, segundo Nuno Gonçalo Monteiro, a casa dos condes de São Vicente não pertencesse ao círculo próximo das alianças daqueles.

Aos 16 anos de idade ingressou na Universidade de Coimbra, conseguindo um dos lugares de porcionista no Colégio de São Pedro, instituto com o qual a sua família já tinha ligação. A 21 de maio de 1736, alcançou o bacharelato em Cânones, obtendo, um ano mais tarde, a 27 de junho de 1737, o grau de licenciado em Leis e, a 11 de julho do mesmo ano, o grau de Doutor igualmente em Leis, numa época em que a obtenção dos graus de licenciado e de doutor em datas próximas era comum, já que o exame privado dava acesso a ambos.

Terminada a formação académica, teve o primeiro contacto com uma instituição que haveria de presidir, a Inquisição, tornando-se, por provisão de 4 de janeiro de 1738, deputado do tribunal distrital de Coimbra, tendo o seu processo de habilitação sido bastante simplificado pelo facto de tanto o irmão mais velho, como os avôs paterno e materno, serem ou terem sido agentes do Tribunal da Fé, na qualidade de familiares do Santo Ofício. Haveria de permanecer, todavia, pouquíssimos meses como deputado da inquisição conimbricense, por ter entrado na congregação dos cónegos regrantes de Santo Agostinho, no mosteiro de Santa Cruz de Coimbra, em maio de 1738. No ano seguinte professou, adotando o nome religioso de João de Nossa Senhora da Porta; e, em 1742, transferiu-se para o mosteiro de São Vicente de Fora, em Lisboa, com o propósito de estabelecer nesse espaço a reforma iniciada em Coimbra, tendo aí permanecido até 1745.

Em novembro desse ano, o rei D. João V nomeou-o coadjutor e futuro sucessor da diocese de Leiria, talvez por influência de frei Gaspar da Encarnação. Confirmado por Bento XIV, a 29 de março de 1746, não chegaria a entrar no bispado nessa condição, por, entretanto, a Sé ter vagado por falecimento do bispo D. Álvaro de Abranches e Noronha. Tendo tomado posse do bispado por procuração a 23 de julho de 1746, efetuou a sua entrada solene na sede da diocese a 5 de outubro desse mesmo ano.

D. João de Nossa Senhora da Porta, nome que utilizou enquanto bispo de Leiria, integrou a larga fatia da população episcopal proveniente de congregações religiosas. Residente na sua diocese, visitou regularmente, por si ou por intermédio de visitadores, o bispado, administrando, no âmbito da visita pastoral, o sacramento da confirmação a centenas de paroquianos e consumando até reduções de estrangeiros que haviam abjurado a anterior confissão. Sabe-se que efetuou visitas em pessoa em 1747, em 1748, em 1749, em 1750 e em 1755, visitas que foram, aliás, noticiadas na Gazeta de Lisboa, tal como o foram as cerimónias que promoveu no interior da Sé por ocasião da morte de D. João V, em 1750, e de D. Maria Ana de Áustria, em 1754, divulgação que teria propósitos bem definidos por parte de alguém com ambições elevadas. Foi também um prelado que parece ter evidenciado preocupação com a instrução do clero diocesano e o estado das paróquias do bispado, solicitando aos párocos informações quinzenais sobre essa matéria.

Na cidade do Lis foi outrossim provedor da Santa Casa da Misericórdia local, mantendo-se à frente dessa instituição entre 1746 e 1760, ou seja, durante todo o período em que foi bispo de Leiria. Tenha-se presente que em determinadas sedes de bispado, de que Leiria é exemplo, era comum eleger-se o antístite para a provedoria da Santa Casa, o que é esclarecedor sobre o peso dessas instituições e do seu cargo cimeiro, devendo, todavia, acrescentar-se que os bispos eram eleitos provedores enquanto membros da elite local e não enquanto homens da Igreja.

Membro da Academia Pontifícia de Coimbra criada em 1747, encontrava-se ainda à frente da diocese de Leiria quando se deu o atentado contra o rei D. José I, em 3 de setembro de 1758. Após a prisão, o julgamento e a execução dos implicados, bem como a associação dos Jesuítas ao caso, D. João de Nossa Senhora da Porta destacou-se por ter publicado, a 28 de fevereiro de 1759, uma violenta pastoral contra a Companhia, que foi ao encontro dos intentos do futuro marquês de Pombal, de quem haveria de se tornar próximo, legitimando as medidas que aquele tomara contra esse instituto.

Resultando as promoções dos bispos da subordinação aos interesses régios, com o seu posicionamento concorreu para a sua nomeação para arcebispo de Évora, em 1760, uma das dioceses mais ricas do reino, bem como para a sua preferência para os inúmeros e sucessivos lugares que veio a ocupar no Estado e na Igreja.

No mesmo ano de 1760, foi nomeado para o Conselho de Estado e também regedor da Casa da Suplicação, pelo que se manteve em Lisboa, tomando posse do arcebispado eborense por procuração. Foi, de resto, um prelado ausente, obtendo, em 1771, após retoma das relações de Portugal com a Santa Sé, dispensa de Clemente XIV de residir no bispado. Durante os mais de 20 anos que dirigiu esse arcebispado terá ido apenas três vezes a Évora, a primeira das quais, em maio de 1762, ocasião em que realizou a sua entrada solene e que teve como único propósito a recolha de rendas para financiar o conflito bélico em que Portugal estava envolvido. Em 1765, mandou traduzir para português e divulgar na sua arquidiocese o Catecismo de Montpellier, que havia sido condenado por Roma e posto no Índex em 1721. O seu governo enquanto prelado eborense ficou ainda marcado pela criação do bispado de Beja, em 1770.

Entretanto, por nomeação régia, conduziu os destinos da Santa Casa da Misericórdia de Lisboa durante dois anos económicos, em 1767/68 e em 1768/69, período que coincidiu com a transferência da instituição para a igreja de São Roque, que havia pertencido aos Jesuítas. Pelo meio, em abril de 1768, o rei havia-o escolhido para um outro cargo de relevo, o de presidente da recém-criada Real Mesa Censória, órgão que haveria de presidir até março de 1770, quando foi substituído por D. Frei Manuel do Cenáculo.

Nesse ano de 1770, foi nomeado inquisidor-geral, cargo que haveria de manter até à data da morte, em 1783. No reinado de D. José I, a Inquisição sofreu profundas alterações que reorientaram a sua trajetória e a transformaram, por fim, num tribunal subordinado aos interesses da Coroa. No período em que liderou essa instituição, marcado pelo fim da distinção entre cristãos-novos e cristãos-velhos, decretado pela carta de lei de 25 de maio de 1773, pela quebra de poder e pelas dificuldades financeiras do Santo Ofício, foi publicado um novo regimento, em 1774, que introduziu alterações de monta nos procedimentos inquisitoriais, com destaque para a abolição do segredo processual e a proibição de condenar com base em testemunhos singulares. O novo texto normativo trouxe também novidades relativas aos crimes julgados pelo Santo Ofício que, desde a década de 1760, deixara de perseguir casos de judaísmo, delito que no passado havia quase monopolizado a ação dos inquisidores. Ainda em 1774, foi decretada a abolição da Inquisição de Goa, decisão que, todavia, viria a ser revertida em 1778, no início do reinado de D. Maria I, evidenciando, de forma clara, a subordinação do inquisidor-geral aos interesses do rei e do marquês de Pombal.

No ano em que fora nomeado para o topo hierárquico da Inquisição, isto é, em 1770, fora também indicado juiz da supressão dos mosteiros dos Cónegos Regrantes; criado cardeal pelo Papa Clemente XIV; e designado membro da Junta da Providência Literária que tinha como propósito a reforma da estrutura do ensino, sobretudo o universitário. Em 1771, fora nomeado comissário e executor da Bula da Cruzada e, em 1772, ministro assistente ao despacho. Mais tarde, a 16 de janeiro de 1780, pouco depois da aprovação régia dos estatutos da Academia das Ciências de Lisboa, foi feito sócio honorário dessa instituição, embora tenha tido pouca ou nenhuma participação na mesma.

Entre o seu património destaque para a sua magnífica biblioteca, composta por 9446 volumes, avaliados em 8 593 580 réis, onde predominavam obras de temática religiosa, seguindo-se as de história e, em terceiro lugar, as de literatura. Conquanto predominassem os livros em português, possuía obras noutros idiomas, estando presentes, além de autores da Antiguidade Clássica, como Aristóteles, Homero, Platão, Tito Lívio e Virgílio, obras de autores humanistas, como Erasmo ou Maquiavel, e do iluminismo, como d’Alembert, Rousseau e Voltaire, bem como obras dos reformadores protestantes Martinho Lutero e João Calvino, ou ainda escritos do teólogo Jan Huss.

O cardeal, inquisidor-geral e arcebispo de Évora que, na década de 1770 havia retomado o nome secular (sem o apelido Távora, que fora proibido em 1759), faleceu às 2h15min, do dia 31 de janeiro de 1783, no palácio da Inquisição, ao Rossio. Eventualmente, poderá ter sido vítima de um acidente cerebral vascular semelhante ao que sofrera em 1781, quando um estupor “lhe poz a bouca à banda e lhe fixou inferiormente hum olho, o qual ainda não pode abrir” (BNP, Pombalina, cod. 686, fls. 572-573v). O seu corpo, depois de embalsamado, foi conduzido em carruagem para a igreja do convento de São Domingos, tendo o corpo sido sepultado na noite de 1 de fevereiro, na capela-mor da referida igreja. O seu caixão de chumbo, com uma inscrição latina na tampa que o identifica, foi recentemente localizado pela empresa Era – Arqueologia, que exumou os seus restos mortais, conforme atestam três pequenos vídeos publicados no Youtube. No interior do caixão, além das ossadas, foram encontrados um anel adornado com uma pedra, de cor roxa, e um crucifixo de bronze e madeira.