Francisco Justiniano Saraiva nasceu em Ponte de Lima a 26 de janeiro de 1766. Filho de Manuel José Saraiva, um tabelião, e de Leonor Maria Teodora Correia, Saraiva entrou para a vida religiosa como monge beneditino. A 27 de janeiro de 1782, professou a regra beneditina no Mosteiro de Santa Maria de Tibães, adotando o nome de Frei Francisco de S. Luís. Frequentou o curso teológico na Universidade de Coimbra, tendo obtido o grau de doutor em Teologia em 1791. Foi professor de Filosofia Racional no Real Colégio das Artes.
Durante a sua vida, Frei Francisco de S. Luís destacou-se pela afinidade com ideias liberais e iluministas, o que o levou a envolver-se ativamente na política e na sociedade do seu tempo. Essa inclinação liberal trouxe-lhe desafios na carreira religiosa e académica, resultando em várias dificuldades e perseguições, havendo indícios de uma possível ligação à maçonaria, sob o nome simbólico de Condorcet.
No campo político, Frei Francisco teve um papel relevante em vários momentos cruciais da história de Portugal. Em 1808, integrou a Junta do Minho, organizada em Viana do Castelo. Em 1820, foi membro da Junta Provisória do Supremo Governo do Reino, sediada no Porto, e eleito deputado às Cortes, onde chegou a ocupar o cargo de presidente em 1823. Após a queda da Constituição de 1822, retirou-se para o Mosteiro da Batalha, mas regressou à política ativa em 1826. Com a ascensão de D. Miguel ao poder, afastou-se novamente, retirando-se para o Mosteiro da Serra de Ossa. Depois da vitória liberal em 1834, foi deputado mais três vezes e exerceu funções como ministro dos Negócios do Reino e guarda-mor do Real Arquivo da Torre do Tombo de 1834 a 1836. Também serviu como conselheiro de Estado e par do Reino.
No âmbito eclesiástico, Frei Francisco ocupou diversos cargos de destaque. Após ser ordenado, foi transferido para o Mosteiro de Rendufe e, mais tarde, para o Colégio de Nossa Senhora da Estrela, em Lisboa. Em 1785, mudou-se para Coimbra para os estudos superiores, onde serviu como abade do Colégio de Coimbra (1804-1807), visitador-geral (1804-1810) e cronista-mor da ordem beneditina. Em 1821, foi nomeado bispo coadjutor de Coimbra e assumiu o bispado em 1822. Recebeu o título de conde de Arganil e senhor de Côja, mas, devido à instabilidade política, renunciou ao bispado em 1823 e retirou-se para o Mosteiro da Batalha. Em 1840, foi nomeado patriarca de Lisboa por D. Maria II e elevado a cardeal-presbítero pela Santa Sé, em 1843.
Académico dedicado, Frei Francisco doutorou-se em Teologia pela Universidade de Coimbra, em 1791, e lecionou disciplinas como Matemática e Filosofia. Foi nomeado reitor e reformador da Universidade de Coimbra em 1821, mas renunciou ao cargo em 1823, juntamente com o bispado de Coimbra.
O cardeal Saraiva teve um envolvimento profundo com a Academia das Ciências de Lisboa, onde desempenhou um papel fundamental na promoção do conhecimento intelectual e científico em Portugal nos séculos XVIII e XIX. Em 1794, foi eleito sócio correspondente da Academia Real das Ciências e promovido a sócio livre a 30 de novembro de 1809, passando a sócio efetivo na classe de Literatura Portuguesa a 6 de maio de 1820. Em 1838, foi eleito vice-presidente; foi também membro honorário da Academia de Belas Artes. Era altamente respeitado pelo seu trabalho em história, literatura e linguística. Os seus esforços académicos foram reconhecidos logo no início, quando foi agraciado com uma medalha de ouro pela Academia pelo seu primeiro estudo histórico,
O trabalho de Saraiva destacou-se pelo seu profundo empenho na preservação de documentos históricos e na organização de arquivos, com especial dedicação aos registos relacionados com a Ordem de São Bento. Organizou de forma sistemática diversos índices dos arquivos em que trabalhou, o que facilitou significativamente o acesso a esses documentos. Além disso, complementou essa organização com uma criteriosa categorização e arrumação dos documentos, agrupando-os por temas. Os seus textos históricos abrangem largos períodos da história de Portugal, incluindo estudos sobre os povos que habitaram a Península Ibérica antes da formação do reino português. Em muitos dos seus escritos, Frei Francisco procurou demonstrar que as raízes da língua e cultura portuguesas remontam aos povos que ocuparam o território antes da sua incorporação no Império Romano. Os seus estudos históricos baseavam-se em obras de autores clássicos e em textos de diversos escritores portugueses. Para ele, a história era um ramo da literatura, com uma função essencialmente moralizadora. Outro tema que despertou o interesse de Frei Francisco foi a história dos descobrimentos e da expansão portuguesa. Defensor da primazia de Portugal nos descobrimentos, investigou a possibilidade de uma descoberta prévia do Brasil antes da expedição de Pedro Álvares Cabral. Realizou estudos aprofundados com base em documentação original, elaborou uma cronologia dos feitos portugueses e publicou fontes primárias, como o roteiro da viagem de Fernão de Magalhães. As suas contribuições intelectuais foram posteriormente reunidas e publicadas numa coleção de dez volumes intitulada Obras completas, em 1872.
Frei Francisco de S. Luís faleceu a 7 de maio de 1845 e foi sepultado no Panteão dos Cardeais, no Mosteiro de São Vicente de Fora, em Lisboa. O seu legado perdura na toponímia de Ponte de Lima e na estátua erguida em sua homenagem em 2008.