Filho do general Pedro Folque, natural da Catalunha, e de D. Maria Micaela de Sousa, natural de Portalegre. Assentou praça, na Armada, em 1817, como aspirante a piloto. Em 1820, foi promovido a segundo-tenente e autorizado a frequentar o curso de Matemática e obter doutoramento na Universidade de Coimbra. Foi nomeado ajudante das obras do rio Mondego e, no ano seguinte, ajudante do Observatório Astronómico da Universidade. Em 1831 foi admitido no Observatório Real da Marinha e, em 1833, transferido para o Exército, como 1.º tenente adido ao Real Corpo de Engenheiros. Aqui fez toda a sua carreira militar, até ao posto de general de divisão da Arma de Engenharia, em 1872.
Começou a trabalhar com seu pai, Pedro Folque, na Comissão para os Trabalhos de Triangulação Geral e Levantamento da Carta Corográfica do Reino. Após a morte do pai, foi incumbido de dar continuidade aos trabalhos, e, em 1852, passou a chefiar a Comissão Geodésica e Topográfica do Reino, mais tarde, Direcção-Geral. No final da sua vida, Filipe Folque era diretor-geral dos Trabalhos Geodésicos, Topográficos, Hidrográficos e Geológicos do Reino.
Dedicou-se às áreas da Geodesia e da Cartografia, embora, também, lhe merecessem atenção muitos outros sectores da vida nacional, como, para além da Marinha e do Exército, são os casos do ensino, da política, da Casa Real e da música. Foi Membro Efetivo da Academia Real das Ciências de Lisboa e distinguido com diversas condecorações. Filipe Folque não pode ver completamente editada a coleção do Atlas da Carta Corográfica; até ao final da sua vida, foram publicadas 14 das 37 folhas. Muitas foram as publicações que chegaram até nós, nomeadamente, nas
Em 1833, foi ordenado que, com seu pai, fosse dada continuidade aos trabalhos da triangulação geral do Reino. Dada a avançada idade do pai, na prática, era Filipe Folque o verdadeiro responsável pelo arranque desses trabalhos.
Em 1836, Filipe Folque abriu um Curso, na Academia Real de Marinha, para instrução de todos os oficiais destinados aos trabalhos geodésicos.
Por razões de vária ordem, só em 1838 foi possível recomeçar os trabalhos da triangulação. Foram observadas, nesse ano, 138 séries de ângulos e 149 séries de distâncias zenitais.
Com a criação da Escola Politécnica de Lisboa, foi nomeado, em 1840, lente da cadeira de Astronomia e Geodesia.
Encontrava-se a escrever a história dos Trabalhos Geodésicos, a convite de Sua Majestade, a Rainha, quando, em 1843, foram, novamente, encarregados dos Trabalhos Geodésicos do Reino. Nos anos seguintes, 1844 e 1845, realizaram várias deslocações pelas províncias. Em alguns dos seus memoráveis relatórios, Filipe Folque chama a atenção para o atraso do País, e, como consequência, para as dificuldades de vária ordem na execução de trabalhos desta natureza. Devido a instabilidade política, a atividade de campo só pode ser retomada no ano seguinte. Seu pai veio a falecer em 6 de abril de 1848, com a avançada idade de 104 anos. Enquanto decorriam diligências entre dois ministérios, a ocasião foi aproveitada para a redução de muitas das observações existentes. Os resultados continuaram a ser publicados nas
Filipe Folque já não pensava, apenas, na conclusão da parte geométrica da Carta. Seria necessário o seu preenchimento e, além disso, a sua reprodução em condições de ser útil nos mais diversos sectores da administração pública. A Carta passou, então, a ser designada Carta Corográfica de Portugal, na escala 1/100.000. As operações de campo recomeçaram, na primavera de 1853, tendo ocupado, ainda, o ano seguinte. Portugal entrou para a Associação Internacional de Geodesia, em 1864. Aproveitando os vértices existentes, Filipe Folque projetou uma rede geodésica que designou por Fundamental.
Deve-se, também, a Filipe Folque, a introdução, no país, do sistema de gravura para a representação dos trabalhos cartográficos. Trouxe para Portugal um artista, vindo de Paris, que, enquanto instruía os seus alunos, gravava importantes trabalhos. Data de 1856 a publicação da primeira folha do Atlas da Carta Corográfica.
As principais realizações de Filipe Folque no domínio da Astronomia estão ligadas à direção do Observatório Real da Marinha e à criação do Observatório Astronómico de Lisboa. O primeiro, ao tempo o único existente em Lisboa, teve uma vida muito atribulada durante o curto período da sua existência, de 1798 a 1874. As condições do Observatório eram tais que levaram Filipe Folque a redigir um notável relatório, que levou o Ministro da Marinha a convidá-lo para diretor. As obras duraram cerca de dois anos. Quando tudo parecia caminhar para que o Observatório tivesse condições de funcionamento, foi reconhecido que, em consequência de um tremor de terra, a abóbada do edifício apresentava uma fenda. O estado de ruína era tal que punha em causa a segurança dentro do Observatório. Os instrumentos foram encaixotados e abrigados em lugar seguro, tornando-se inviável o ensino prático de Astronomia aos alunos das escolas Naval, Politécnica e Exército. Filipe Folque apresentou, então, o pedido de exoneração das funções de diretor. O último documento assinado tem data de 17 de março de 1874, isto é, pouco tempo antes da Lei de 15 de abril que extinguiu o Observatório e alguns meses antes do seu falecimento. Filipe Folque integrou a Comissão encarregada de proceder a estudos visando a construção de um novo Observatório Astronómico em Lisboa. A escolha da localização recaiu no chamado Alto da Eira Velha, na Tapada d´Ajuda. As obras começaram em 1861 e em 1867 era instalado o primeiro instrumento.
Filipe Folque teve sempre uma grande proximidade à Corte. No reinado de D. Maria II, foi professor de matemática de seus filhos. O rei D. Pedro V termina, sistematicamente, a sua vasta correspondência, “Seu muito afeiçoado amigo e antigo discípulo”. O rei D. Luís, ao atribuir-lhe nova condecoração, destaca “o desvelo com que concorreu para a minha instrução e dos príncipes meus muito amados e prezados irmãos”. Fez parte das comitivas de D. Pedro V nas duas deslocações à Europa, em 1854 e 1855, onde teve a oportunidade de visitar os Observatórios Reais de Greenwich e da Bélgica.
Filipe Folque era, politicamente, um liberal. Foi duas vezes eleito deputado: a primeira, em 1840, pelo círculo de Portalegre; a segunda, por Lisboa, em 1860, onde fez parte da Comissão de Obras Públicas.
Desde os tempos de Coimbra que Filipe Folque era considerado um excelente flautista. Participou, com Almeida Garrett, na criação do Conservatório Nacional de Lisboa.
Foi alvo das mais elevadas distinções: Comendador da Ordem de Nossa Senhora da Conceição de Vila Viçosa; Comendador e Grã-Cruz da Ordem Militar de Santiago da Espada; Comendador da Real Ordem de S. Bento de Aviz; Comendador de várias Ordens Estrangeiras.
Foi eleito sócio correspondente da ACL, em 1831, e sócio efetivo, em 1834. Teve uma ação muito limitada na Academia, como resultado da sua intensa atividade na organização da Carta Geral do Reino. No seu processo individual encontram-se várias justificações às faltas nas sessões académicas da sua Classe. Com menor atividade nos Trabalhos de Campo, no período 1849-1850, Filipe Folque teve uma presença mais regular nas sessões. Porém, nomeado diretor da sua Classe e membro da comissão incumbida da remodelação dos Estatutos da Academia, pediu escusa por indisponibilidade de tempo. Pela mesma razão, pede, em janeiro de 1852, a sua exoneração de sócio efetivo. Na ausência de qualquer resposta, foi participando, ocasionalmente, em atividades da Academia. Logo na sessão seguinte, embora não lhe fosse possível estar presente, enviou uma relação de 8 individualidades que propunha para sócios efetivos. Em finais de 1859, em resposta a uma solicitação da Academia sobre os trabalhos por ele realizados, indica um conjunto de 5 trabalhos apresentados à Academia, 2 publicados fora da Academia e 2 quase concluídos. Filipe Folque dedicou-se aos trabalhos de geodesia e de astronomia, praticamente, até ao final da sua vida. Também, na ACL, vamos encontrar tomadas de posição relativamente a dois assuntos apresentados nos dois últimos anos. Apesar da sua avançada idade, aos dois responde com a habitual elegância e forma clara dos seus escritos.