Terá nascido em Lisboa, pouco antes de 1760, sendo filho de D. Tomás de Lima Vasconcelos Nogueira Teles da Silva, 13º visconde de Vila Nova de Cerveira e 1º marquês de Ponte de Lima, e de sua mulher, D. Eugénia Maria Josefa de Bragança, filha dos 4os marqueses de Alegrete. Fernando José Xavier de Lima provinha, portanto, de uma das mais destacadas linhagens da nobreza portuguesa e do seio da alta aristocracia cortesã.
Em 1771 é exarada a seu favor uma bula papal que reconhece o seu direito de apresentação na igreja de São Martinho de Soalhães, cujo padroado pertencia a seu pai.
Estudou na Faculdade de Cânones da Universidade de Coimbra, onde já se encontrava matriculado em 1775. Obteve o grau de bacharel em maio de 1779. No ano seguinte, em 1780, é eleito sócio supranumerário da Academia Real das Ciências de Lisboa no dia 19 de janeiro, tendo completado naquele ano a formatura. No ano seguinte, i.e., em 1781, completa a licenciatura e o doutoramento. No mês de julho desse mesmo ano foi feito moço fidalgo da casa real, com direito à respetiva tença de moradia.
Em agosto de 1782 foi feito conselheiro do Conselho da Fazenda e recebeu carta do título do Conselho de Sua Majestade. Em 1805 encontrava-se em França, estando de regresso a Lisboa em 1807.
Terá falecido no dia 23 de abril de 1812, segundo informação que consta no seu processo académico preservado na Academia das Ciências de Lisboa.
Cristóvão Aires afirmou numa extensa compilação de documentos referentes à história da Academia, publicada em 1920 no