Natural de Ansião, filho de Manuel Freire de S. Lázaro e de Violante Rosa Soares foi educado no Seminário Episcopal de Coimbra pouco depois da sua criação, em 1748, pelo bispo Miguel da Anunciação (1704-1779). Ordenado presbítero ali exerceu o cargo de mestre. Matriculou-se em Instituta em 1750 e em Cânones no ano seguinte. Obteve em 1761, em maio, o grau de bacharel, concluiu a formatura no mês seguinte e tomou capelo, como clérigo, em direito canónico.
Foi professor de Lógica no Colégio das Artes, a partir de Janeiro de 1767, um ano depois da publicação do seu Discurso sobre o bom e verdadeiro gosto na filosofia que dedicou a Sebastião José de Carvalho e Melo, ainda conde de Oeiras e a quem dirigiu palavras encomiásticas. Entretanto, com o reacender da questão jacobeia e do sigilismo, a relação próxima com o bispo de Coimbra motivou a sua prisão em Dezembro de 1768. Ilibado, sem culpa, retomou as funções docentes em 1770. Veio a ter um papel relevante no âmbito da Reforma dos Estudos da Universidade tendo sido convidado para, em colaboração com [Vandelli] e [Dalla-Bella], dar corpo à nova Faculdade de Filosofia. Por decreto régio de Setembro de 1772 foi nomeado para a Faculdade de Filosofia e graduado lente de Filosofia Racional e Moral que abrangia o estudo da lógica, metafísica, física e moral. Tomou como referências compendiarias as obras adaptadas e, superiormente autorizadas, de Genovesi e de Heinecke (Heinécio). Assegurou a cadeira até 1790 ano em que se jubilou passando, então, a exercer funções de decano e diretor da sua Faculdade.
Foi eleito sócio da Academia das Ciências de Lisboa em Janeiro de 1780 integrando-se na classe de Ciências da Observação ao lado de [Domingos Vandelli], [José Correia da Serra], [Pe. João Faustino], [Bartolomeu da Costa], [Fr. Vicente Ferrer da Rocha] e o [visconde de Barbacena], igualmente, fundadores. Foi deputado da Diretoria Geral dos Estudos instituída em 1799.
Soares Barbosa é um vulto importante da Ilustração tendo sido significativamente influenciado por Luís António Vernei. O Discurso sobre o Bom, e Verdadeiro Gosto na Filosofia (1766) afirma-se dentro do perímetro da pedagogia do filosófico que viria a ser oficializada pela reforma da Universidade de Coimbra de 1772. As preocupações de Soares Barbosa estão indissociavelmente ligadas ao modo correto de dirigir as operações da mente e contribuir para o bem do género humano e para a sua felicidade. O Discurso inicia-se pela lógica da qual importa extirpar os vícios da argumentação escolástica caraterizada por superfluidades e enredos optando, em alternativa, pelos métodos da matemática. Nesse sentido, de um modo eclético, invoca Gassendo, Descartes e Newton. Quanto à moral, que para Soares Barbosa compreende, também, a dimensão física do homem defende que, pela sua utilidade, deveria ser prioritária no elenco dos estudos filosófico e não no fim destes. A moral, para o professor pombalino, funda-se no direito natural embora tome uma posição algo crítica relativamente ao racionalismo que a pode enformar sublinhando a superioridade da moral evangélica. As ideias jusnaturalistas de Soares Barbosa resultantes de uma leitura de Grócio, Pufendorf e outros são mobilizadas para o verdadeiro conhecimento da natureza do homem. No entanto a relevância especulativa do direito natural não é de molde que se ladeie o questionamento sobre a efetiva eficácia puramente imanente das leis no encaminhamento da felicidade própria e dos outros na medida em que é impossível prescindir do socorro do Autor da natureza, além da necessidade de ter em conta a imortalidade da alma. O Discurso trata, seguidamente, da metafísica e da física. No caso da metafísica aparece reiterada a posição anti escolástica onde sobressai o primado da lógica, mediante a definição exata das ideias e dos termos utlizados, arredando recorrentes e ininteligíveis disputas. Quanto à física, igualmente dentro dos pressupostos anti aristotélicos, Barbosa toma como boa referência, em princípio, a modernidade cartesiana. Mas será a partir de Newton (sem esquecer em referência incidental o Discurso Preliminar da Enciclopédia, de D´Alembert, que é tido como “justamente verdadeiro filósofo deste século”) que Soares Barbosa encontra o patamar crítico para tratar do método a seguir em física tão só com as luzes da razão e não as da fé, embora no pressuposto essencial de ser inalcançável, em qualquer circunstância, a essência das coisas. Importa, a respeito do entendimento e valorização do estudo da física, por parte do pensador, assinalar o investimento experimental próprio que viria a fazer como se prova pelos dois estudos que publicou, em 1791, na Academia das Ciências, sobre um higrómetro vegetal e sobre a doença da ferrugem nos olivais portugueses.
Entretanto, em 1792, Soares Barbosa publica, em três volumes, o Tratado Elementar de Filosofia Moral que constitui a sua obra mais bem elaborada. Por um lado, verifica-se um acréscimo de informação e aprofundamento das ideias jusnaturalistas em relação ao Discurso de 1766 mas, por outro lado, torna-se mais evidente na fundamentação da ética a subordinação desta à moral revelada. Com minúcia, o filósofo desenvolve a história e a formulação de uma ciência da ética, discute os temas e problemas morais e, por fim, de modo particular, aborda a questão da felicidade tema fulcral das Luzes. É ainda na natureza e nas suas manifestações mais imediatas que encontramos no autor uma alavanca para desenvolver um itinerário de extensa análise acompanhado, em muitos casos, de argumentos fisicistas. Constituindo uma referência importante para a história da filosofia de direito, o Tratado não deixa de denotar, contudo, um recuo relativamente ao racionalismo jusnaturalista de Martini, autor que presidiu à reforma didática do direito, desde 1772.
Outra nota a considerar para a compreensão da obra de Soares Barbosa é a dimensão apologética. O tema da verdade da religião cristã que foi, aliás, incontornável e persistente na pedagogia da filosofia racional e moral, como se pode comprovar pela circulação dos compêndios de António Genovesi, sucessivamente adaptados, está significativamente presente em Soares Barbosa. Através do Compêndio da História do Antigo e Novo Testamento com as razões com que se prova a verdade da nossa religião traduzido da língua francesa para instrução da mocidade portuguesa, no modo de perguntas e respostas, de que não refere a autoria ou com as traduções que realizou de Bossuet (1627-1704) e do filo-jansenista Guadagnini (1723-1807) complementa a sua meditação ética, na vertente de cariz mais teológica, apontando para a insuficiência do natural perante o revelado.
