Filho de Silvestre Pereira de Jesus e de Joana Maria Samgens. Licenciado em Artes (30.5.1756), licenciado em Filosofia (19.6.1757) e bacharel formado em Medicina (28.6.1758), foi depois despachado por portaria do marquês de Pombal (3.10.1772), em reconhecimento da sua prática médica, lente da cadeira de Instituições Cirúrgicas, tendo sido incorporado na Faculdade de Medicina e recebido o grau de doutor (7.10. 1772). Regeu ainda 1ª cadeira de Prática Médica (1776-1786), jubilando-se por carta régia de 14.7.1786. Foi também diretor da Faculdade de Medicina e diretor e inspetor dos Hospitais da Universidade. Enquanto médico, acompanhou os problemas de saúde do marquês de Pombal nos últimos anos da vida deste, já exilado em Pombal, tendo promovido, sem sucesso, a sua transferência para Coimbra a fim de ser aqui mais bem tratado.
António José Pereira fez parte do primeiro grupo de efetivos da Academia das Ciências, sendo colocado na classe de Ciências de Observação (16.01.1780). No seu processo constam duas censuras que elaborou sobre outras tantas memórias anónimas submetidas a concurso e uma terceira censura sobre uma memória de João Nunes Gago, médico em Tavira, em que eram abordados os efeitos do calor observados no ano de 1780. Nenhuma delas mereceu a aprovação de António Pereira embora atribuísse, aos autores das três memórias, aplausos pelo esforço e incentivasse ao seu aperfeiçoamento modo a poderem obter a aprovação futura da Academia.
Após a jubilação foi nomeado médico da Real Câmara (28.4.1787), com 100$000 réis de ordenado por ano, passando posteriormente a 1º médico da Real Câmara (04.09.1789), com honras, privilégios, liberdades e precedências honoríficas que tinham os físicos-mores do reino e recebendo uma moradia mensal de 2$500 réis, a mesma que a do físico-mor.